はじめまして、張 泊江です。

希望:
リモート 日本国内 オーストラリア
職種:
臨床データエンジニア(オンコロジー)
専門:
CDISC SDTM/ADaM・EDC・ETL パイプライン

臨床データエンジニアリングが専門です。

がん領域のデータ、CDISC SDTM・ADaM。

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01_業務内容

がん研究の生データを、CDISC に準拠した SDTM・ADaM データセットに変換し、その作業をより速く、より信頼できるものにするツールを作っています。下は架空のデータでの例です。

EDC エクスポート(元データ)

症例番号
001
性別
男
生年月日
1958/03/04
有害事象
悪心
CTCAE Grade
2
発現日
2024/05/12

DM Demographics

STUDYIDDOMAINUSUBJIDSEXBRTHDTC
ONC01DMONC01-001M1958-03-04

AE Adverse Events

USUBJIDAESEQAETERMAEDECODAETOXGRAESTDTC
ONC01-0011NauseaNausea22024-05-12
日々の業務の架空の例:日本語 EDC エクスポートの 1 行を、SDTM の DM・AE ドメインにマッピングしています。元データの項目にカーソルを合わせる(またはキーボードでフォーカスする)と、変換先が表示されます。
データ処理を一人で担当したがん研究
7
それらの研究の患者数
10,000+
SOP 整備による納期短縮
約30%
プロトコルから納品までの最短期間
2か月

02_主な制作物

SDTM 業務から生まれたオープンソースです。会社のデータは非公開ですが、手法は公開できます。

ナレッジ・仕様

SDTM PediaSDTM 実装ガイドを、人も LLM も検索できるナレッジベースに作り直しました。PythonMarkdownLLM toolsSDTMIG v3.4・SDTM v2.0・CDISC 用語集の原本を 293 個の構造化 Markdown ファイルに変換63 ドメイン、1,005 コードリスト、37,939 件の CDISC 用語をすべて索引化ベクトル DB なしで Claude Projects や Cursor からそのまま利用可能SDTM Spec Forgeマッピング設定から SDTM データセットを生成し、SDTMIG v3.4 と CDISC 用語集に基づいて仕様書を出力します。PythonRustSDTMIG v3.4Python パイプラインがマッピング設定からデータセットを生成Rust 製のコマンドラインツールがそのデータセットを読み、仕様書の Excel を出力

パイプライン・本番運用

SDTM Mapping System試験の生データから SDTM データセットと M5 申請パッケージまでを、設定だけで回す ETL。PythonpandasMySQLCDISC SDTM1 つの Excel マッピング表で動く 7 ステップの自動パイプラインマッピングルールの変更は Excel だけで完結し、Python を書く必要なし

ツール・監査

MedAudit Diff Watcher版ごとに届くデータフォルダを監視し、CSV の行・フィールド単位の変更を SQLite の監査証跡に記録するデスクトップ/コマンドラインツール。PythonPySide6SQLiteDataForge StudioPython を書かない担当者向けの、SDTM データ準備用 Windows デスクトップツール(変換・クリーニング・マスキング)。PythonPySide6

03_職歴

  1. 2023年9月 – 現在

    Clinical Data Specialist(オンコロジー)

    iTms株式会社(横浜・東京)

    • 国立がん研究センターのデータを用いた 7 件のがん研究(各 600〜4,300 例)を担当し、プロトコルから SDTM/ADaM データセット、解析帳票まで一貫して対応。
    • 研究データベースと仕様書を設計し、病院の医師と合意したエディットチェックを実装。背景・有害事象・検査値の集計表、OS・PFS 解析を作成。
    • チーム初のチェックリストと SOP を作成し、新人 5 名以上を育成。
  2. 2022年9月 – 2023年8月

    EDC 開発エンジニア(臨床試験)

    EPS株式会社(CRO)

    • がん領域の臨床試験の EDC データベースを構築・保守(eCRF、エディットチェック、UAT、ユーザー教育)。
  3. 2017年12月 – 2022年8月

    テスト・QA エンジニア

    DAC-ENGINEERING株式会社

    • 精密光学機器・検査装置の調整と試験。

スキル

04_ラボ

臨床データ以外で作ったもの。すべてデモを公開しています。

05_連絡先

ご連絡はメールが一番確実です。日本語・英語・中国語で返信できます。

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